A capela e o título de Nossa Senhora das Treze Pedras devem sua origem a um humilde carroceiro que, achando-se em grande apuro, por ter sua carroça atolada, implorou o auxílio de Nossa Senhora, que lhe apareceu, acompanhada dos doze apóstolos, pousando seus pés, com precaução, nas treze pedras que tinham sido colocadas nesse lugar por ocasião das inundações, para ajudar os pedestres a atravessar a difícil passagem.
O bispo informado do milagre, benzeu as treze pedras e fê-las engastar no pavimento do santuário.
A peregrinação ao santuário acontece em 16 de agosto.